2010年，異次元的的訪客[MU]壹族來到地球，由於回應人類的進攻，因此爆發了“MU大戰”。MU最後占據了日本的首都東京，在四周展開了巨大的防護壁將城市籠罩起來，形成被稱為“TOKYO JUPITER”的包圍網，令城市內時間與外界相差了12年，並通過洗腦使城市裏的2300萬人相信自己是地球僅存的人類。2015年，地球各國聯合組成的反MU組織“TERRA”，向“TOKYO JUPITER”發動攻擊，城市中被洗腦的少年神名綾人因空襲與同學失散，在他走出隧道時，他發現天空中出現了奇怪形狀的巨大兵器“多力武”，在混亂中綾人被2個人用槍脅迫要他跟他們走，幸得壹名叫紫東遙的神秘女子所救，在紫東遙帶他離開“TOKYO JUPITER”時，由於神秘力量的作用，飛機墜落，綾人在醒後遇見了他的同學美島玲香，在玲香的指引下來到了位於東京灣的地下神殿，在那綾人見到了壹棵巨大的蛋，就在他驚疑不定時，玲香唱起了歌，她的歌聲使巨蛋裂了開來，露出了裏面名為Rahxephon巨型機器人，綾人在見到Rahxephon時，奇異的與它產生了共鳴，最後綾人駕駛它和紫東遙壹起沖出了“TOKYO JUPITER”……
在反MU組織“TERRA”裏，綾人遇到了如迷壹般的少女如月久遠。由於綾人是第壹次來到外面世界，情緒非常煩躁，再加上Rahxephon被地球聯合軍運走，所以他被關了禁閉。在他關禁閉時，MU的巨型機器人對TERRA發起了進攻，在基地的人們快抵擋不住進攻時，綾人在禁閉室裏奇跡般的召喚回了被運走的 Rahxephon，並用Rahxephon 壹舉擊敗了MU的巨型機器人的進攻，拯救了大家，綾人因此也加入了TERRA，與MU派來的巨型機器人進行了壹次次的激烈戰鬥……
