決鬥者王國篇
壹卷神秘的錄像帶，千年神器中千年眼的擁有者，貝卡斯·J·克羅佛多在錄像帶中使用黑暗決鬥向武藤遊戲挑戰，但武藤遊戲卻因為時間終止而敗北，武藤雙六的靈魂也因此被千年眼的力量封印在靈魂封印卡中（漫畫版為貝卡斯寄給遊戲的錄像帶），武藤遊戲為了救回靈魂被囚禁的爺爺，與夥伴們前往決鬥者王國找貝卡斯決鬥，與互信的夥伴們以及心中的另壹個自己並肩作戰。
戰鬥城市前篇
決鬥者王國壹戰結束，武藤遊戲的知名度瞬間上升，神秘的埃及石板來到日本展覽，牽扯出千年神器的秘密、三千年前的戰鬥、三張神之卡，還有隱藏在千年積木中的無名法老王的記憶，海馬瀨人在壹個機緣下得到了神之卡的其中壹張：歐貝利斯克的巨神兵，而他為了得到剩余的二張神之卡，在童實野市舉辦了戰鬥城市大賽，並且以賭牌當作規則，同時新的次世代決鬥盤也跟著亮相，而武藤遊戲為了尋找心中的另壹個自己的記憶，也就是無名法老王的記憶，必須搜集三張神之卡，也參加了這場大賽，各路好手為了搜集六張拼圖卡，得到最後的參賽權，紛紛展開決鬥；神秘的古魯斯集團派出的蕾雅卡獵人也參雜其中。
乃亞篇（動畫原創）
戰鬥飛行船行駛人工島的途中，飛行船系統卻遭受到外來的入侵改寫了系統，因而改變了航線，阻擋在武藤遊戲等人面前的這個巨大機動要塞究竟是什麽？而又出現了神秘的人，自稱是“五巨頭”，他們還要武藤遊戲等人的身體，壹場賭上各人性命的決鬥，而他們又發現五大老的頭，叫乃亞的小孩，卻是剛三郎（海馬的養父）的兒子！！壹場大戰即將展開。
戰鬥城市後篇
戰鬥城市最終決戰開始，每個決鬥者都各自有戰鬥的理由，城之內為了成為真正的決鬥者、救出被馬利克進行黑暗遊戲懲罰的孔雀舞，海馬為了與宿敵遊戲決鬥、為了鏟除可惡的古魯斯首腦並得到太陽神、為了完成海馬樂園的夢想，遊戲為了實現與城之內的諾言、與海馬宿命的對決、救出被暗馬利克施予黑暗遊戲懲罰的人們、更為了自己遺失的記憶，他向馬利克宣戰。
多瑪篇（動畫原創）
戰鬥城市結束後，武藤遊戲遭受到了不知名力量的阻擋，而三張神之卡也被名為多瑪三劍客的人搶走，這個神秘的多瑪組織搶走神之卡的目的究竟是什麽，神秘的卡片——“奧利哈剛的結界”擁有的黑暗能量，又會帶給使用這張卡片的人什麽樣的改變；黑魔導女孩從精靈的世界降臨，向武藤遊戲請求援助，人類世界與精靈世界的命運會如何，無名的傳說之龍又會怎麽樣的幫助遊戲等人。
海馬集團大賽篇（動畫原創）
多瑪事件結束後，武藤遊戲和同伴因沒錢回不到日本，無奈之下請求海馬公司，卻陰差陽錯的參加了海馬集團為維護聲譽的比賽。全世界的決鬥者聚集在這，壹場別開生面的比賽就此展開。
王之記憶篇
為了尋找寄宿在千年積木中無名法老王靈魂的真實姓名與記憶，武藤遊戲與朋友們踏上了埃及之旅，在記憶石板的背後，解開了無名法老王的過去記憶，暗貘良也趁此時蠢蠢欲動，利用了千年智慧輪的黑暗力量，在千年積木內進行了壹場黑暗RPG，這場黑暗RPG遊戲中，直接以無名法老王的記憶當作背景，暗遊戲必須從這場黑暗遊戲中找回自己的真實姓名、得知自己的過去，並且打敗大邪神佐克，再壹次封印，否則大邪神佐克也會在現實世界中復活。
