1999年，長野縣長野市松代的皆神山座落著一座私立學院。這座學院因為接二連三發生奇怪現象，被周圍的人稱作“超自然學院”。這座學院的校長和學生都夜以繼日的研究這些奇怪現象。校長去世後，非常討厭“超自然”的校長的女兒神代瑪雅接替了他的位置，她遇見了從2012年穿越來的內田文明。這之後，他們二人不斷遭遇學院內的奇怪現象，最後終於得知了內田文明回到1999年的理由……
動畫目錄
第1話 瑪雅的預言
第2話 文明的到來
第3話 清風過
第4話 文明的崩壞
第5話 夏之梢
第6話 文明的道程
第7話 瑪雅的朋友
第8話 媽媽咪呀!
第9話 雪中光芒
第10話 暖爐之光
第11話 瑪雅之死
第12話 千縷風.美之踏尋
第13話 瑪雅的文明
