300年後，23世紀，地球面臨著一場浩劫：火熱星球將撞擊地球。蒙督沙瓦人帶著第五元素和四大元素神石重返地球，以幫助地球度過劫數。可惜攜有第五元素的飛船卻被另一類外星人——孟加羅人（MANGALORE）擊落了。地球人僅獲得第五元素的殘骸。
利用第五元素殘骸的DNA，地球人成功地重新構造了第五元素：一個漂亮的紅發女郎——莉露。莉露從實驗室跑了出來，無意中撞到了科本·達拉斯駕駛的出租車上。莉露被警察追捕，達拉斯冒險把莉露送到了卡南劉斯神父處。卡南劉斯神父深知第五元素的來龍去脈，他是蒙督沙瓦人在地球的聯絡人，世世代代等待著第五元素重返地球。卡神父從莉露口中得知，風火水土四大元素神石並非與莉露在一起，而是由蒙督沙瓦人委托一名外星歌唱家帶到了“失落天堂”星球。神父決定前往失落天堂取回四塊神石。
與此同時，地球上的一個地位顯赫的敗類——佐格受到火球的誘惑（第一幕說火球是個智慧的“生物”）與孟加羅人勾結，妄圖奪取四塊神石。但是，令佐格大爲惱火的是，孟加羅人帶給他的只是一只空箱子，而不是他渴望已久的四塊神石。這時，地球聯邦的總統也從蒙督沙瓦人處得知四塊神石被帶到了失落天堂，于是命令一位將軍派特工人員去取神石。將軍立即找到了退役的特種部隊上校科本-達拉斯，希望他能完成這項任務。達拉斯就與莉露一起乘航天飛機前往失落天堂。
在失落天堂，達拉斯和莉露，與聞訊趕來的孟加羅人和佐格發生激烈的戰鬥。終于，達拉斯從一位外星歌唱家的身上（嚴格地說是肚子裏）得到了四塊元素神石。但是，莉露也身受重傷。此時，距火熱星球撞擊地球的時間已不足兩小時了，達拉斯帶著四塊神石和莉露火速趕到埃及的五大元素祭壇。在達拉斯的鼓勵底下，莉露其實就是第五元素，莉露在最後關頭終于彙集風火水土四大元素的力量，制止了火熱星球的推進，避免了末日的來臨。[1]
