故事講述了被人稱為最後的名偵探結城新十郎,與他的拍檔因果,組成了要解明這世上之謎及真實的偵探二人組合。在面對常理不能解釋的謎題或案件時,憑著新十郎的推理及因果的協力,這些難題往往也會迎刃而解。但是,當新十郎對案件越發思考之時,他便發現某些地方的不對勁,並隨著他的深入了解,他和因果更漸漸與某件大事件扯上關系。