2053年,突然出現的宇宙生命體侵略了地球,直接導致了地球上人口損失過半,在人類方面軍反擊作戰失敗之後,日本方面軍在富士基地展開了一項名為《Planzet》的最終作戰計劃。機動戰士駕駛員明島大誌接到了死守作戰基地的命令,只許死守不準失敗,在這場作戰前夕,大誌將自己的妹妹與家人送往安全的火星避難。