工藤新一(小栗旬)這晚收到挑戰書,稱將有他的同學在修學旅行的船上被綁架,若新一不能保護好同學,須讓出“高中生名偵探”的稱號。新一本對修學旅行沒興趣,這封信令他次日趕到學校與小蘭(黒川智花)、園子(巖佐真悠子)及班裏另外約30名同學會合。 眾人剛登上旅行用船,新一即把目光投向代理班主任北島慎吾(ふかわりょう)、導遊西田麻衣(水川あさみ)、船長東邦夫(松重豐)及船員南田恭介(西村和彥)等人,時刻保持著警惕。但園子仍神不知鬼不覺失蹤。著手調查尚無頭緒,他再接綁架預告電話。