明治維新時期，敵我雙方為了各自的理想和目標而奮勇廝殺。在此期間，名人誌士不斷湧現：大久保利通、木戶孝允、阪本龍馬、沖田總司。維新一派為了推動新時代的到來，不惜采取暗殺的手段，而緋村劍心正是眾多刺客的中的一員。孤兒出身的緋村師從比古清十郎學習飛天禦劍流劍法，年輕氣盛的下山參戰，在奇兵隊中嶄露頭角。憑借一身的本領，緋村最終成為令幕府一派聞風喪膽的劊子手拔刀齋，同時他也和宿敵壬生狼齋藤一有過無數次對決。
明治政府建立後，緋村收起屠刀，成為一名腰掛逆刃刀的浪人。在流浪途中，他結識了神谷道場的繼承人阿薰、東京府士族後代明神彌彥以及原赤報隊成員相樂左之助。在一次次的戰鬥中，他們的友情不斷加深，緋村那顆滿是血汙的心靈也慢慢得到凈化…
