故事設定在一場警察無法應對的世界範圍內的治安危機當中，產生了一種在法律限制內解決個人或組織的委托以彌補警察不足的職業——武偵。而在專門培養“武偵”的特殊學校東京武偵高中裏，偵探科二年級的男主角・遠山金次，因為擁有某種神秘體質，在某種契機之下會讓大腦細胞活性化。對於這一點他始終希望對其他人保密，只祈求能過平凡的校園生活。可惜事與願違，某天在上學途中他被卷入一起炸彈攻擊，更因此和強襲科的超精英——神崎‧H‧亞莉亞相遇。就這樣，被迫與S級的最強武偵亞裏亞組隊的金次，他的平凡日常生活逐漸地離他而去。
